Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
IFT88Q13099 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
IFT88Q13099 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
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IFT88Q13099 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
IFT88Q13099 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
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IFT88Q13099 MYO1C-218ENST00000575158 4804 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
IFT88Q13099 CYTH2-203ENST00000427476 4606 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
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IFT88Q13099 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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IFT88Q13099 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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IFT88Q13099 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
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