Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
NUP88Q99567 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms