Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ITGA6-202ENST00000409080 5306 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
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