Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ARMCX3-AS1-201ENST00000454228 490 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms