Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SIGLECL1-208ENST00000614422 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MST1P2-201ENST00000457982 2291 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 FBRS-201ENST00000287468 2811 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HNRNPH1-201ENST00000329433 2114 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A1-203ENST00000393829 3028 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CLEC16A-202ENST00000409552 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BTN1A1-201ENST00000244513 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PLCXD2-201ENST00000393934 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms