Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.53
CCDC9Q9Y3X0 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms