Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLDN3O15551 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLDN3O15551 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CLDN3O15551 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CLDN3O15551 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLDN3O15551 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLDN3O15551 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms