Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ORMDL1-204ENST00000409519 1223 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DKK4-201ENST00000220812 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC005357.2-202ENST00000590507 1060 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TCEAL6-201ENST00000372773 983 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
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