Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CACNA1I-202ENST00000402142 10004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ANKH-201ENST00000284268 8203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms