Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHD9Q3L8U1 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms