Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN9AQ15858 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN9AQ15858 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN9AQ15858 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
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