Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HDAC4P56524 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms