Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMA1Q9UHB6 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms