Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RN7SL11P-201ENST00000471305 293 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CCNB2-203ENST00000559622 1064 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms