Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIMA1Q9UHB6 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIMA1Q9UHB6 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms