Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms