Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms