Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RTL3Q8N8U3 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms