Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms