Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 STK17B-201ENST00000263955 5287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms