Protein–RNA interactions for Protein: Q6H1V1

Best3, Bestrophin-3, mousemouse

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Best3Q6H1V1 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC34,38■■■■□ 3,09
Best3Q6H1V1 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC34,37■■■■□ 3,09
Best3Q6H1V1 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,35■■■■□ 3,09
Best3Q6H1V1 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC34,32■■■■□ 3,08
Best3Q6H1V1 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,32■■■■□ 3,08
Best3Q6H1V1 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34,31■■■■□ 3,08
Best3Q6H1V1 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC34,29■■■■□ 3,08
Best3Q6H1V1 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC34,28■■■■□ 3,08
Best3Q6H1V1 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC34,25■■■■□ 3,07
Best3Q6H1V1 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC34,22■■■■□ 3,07
Best3Q6H1V1 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC34,19■■■■□ 3,06
Best3Q6H1V1 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,18■■■■□ 3,06
Best3Q6H1V1 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34,17■■■■□ 3,06
Best3Q6H1V1 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,16■■■■□ 3,06
Best3Q6H1V1 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34,09■■■■□ 3,05
Best3Q6H1V1 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,06■■■■□ 3,04
Best3Q6H1V1 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,02■■■■□ 3,04
Best3Q6H1V1 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC33,99■■■■□ 3,03
Best3Q6H1V1 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,95■■■■□ 3,03
Best3Q6H1V1 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,91■■■■□ 3,02
Best3Q6H1V1 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33,86■■■■□ 3,01
Best3Q6H1V1 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC33,8■■■■□ 3
Best3Q6H1V1 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,77■■■■□ 3
Best3Q6H1V1 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,77■■■■□ 3
Best3Q6H1V1 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33,74■■■□□ 2,99
Best3Q6H1V1 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC33,73■■■□□ 2,99
Best3Q6H1V1 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC33,63■■■□□ 2,97
Best3Q6H1V1 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC33,62■■■□□ 2,97
Best3Q6H1V1 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,62■■■□□ 2,97
Best3Q6H1V1 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,57■■■□□ 2,97
Best3Q6H1V1 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC33,54■■■□□ 2,96
Best3Q6H1V1 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC33,52■■■□□ 2,96
Best3Q6H1V1 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33,52■■■□□ 2,96
Best3Q6H1V1 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,52■■■□□ 2,96
Best3Q6H1V1 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33,51■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,5■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,49■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC33,47■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC33,45■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC33,45■■■□□ 2,95
Best3Q6H1V1 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC33,44■■■□□ 2,94
Best3Q6H1V1 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC33,43■■■□□ 2,94
Best3Q6H1V1 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC33,41■■■□□ 2,94
Best3Q6H1V1 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,4■■■□□ 2,94
Best3Q6H1V1 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33,38■■■□□ 2,93
Best3Q6H1V1 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC33,38■■■□□ 2,93
Best3Q6H1V1 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC33,37■■■□□ 2,93
Best3Q6H1V1 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,32■■■□□ 2,92
Best3Q6H1V1 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,3■■■□□ 2,92
Best3Q6H1V1 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC33,27■■■□□ 2,92
Best3Q6H1V1 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33,27■■■□□ 2,92
Best3Q6H1V1 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,25■■■□□ 2,91
Best3Q6H1V1 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,23■■■□□ 2,91
Best3Q6H1V1 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,19■■■□□ 2,9
Best3Q6H1V1 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC33,13■■■□□ 2,89
Best3Q6H1V1 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,11■■■□□ 2,89
Best3Q6H1V1 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33,08■■■□□ 2,89
Best3Q6H1V1 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC33,06■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,05■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,04■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,03■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC33,02■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33,02■■■□□ 2,88
Best3Q6H1V1 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32,98■■■□□ 2,87
Best3Q6H1V1 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC32,98■■■□□ 2,87
Best3Q6H1V1 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC32,96■■■□□ 2,87
Best3Q6H1V1 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC32,94■■■□□ 2,86
Best3Q6H1V1 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC32,93■■■□□ 2,86
Best3Q6H1V1 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC32,92■■■□□ 2,86
Best3Q6H1V1 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC32,87■■■□□ 2,85
Best3Q6H1V1 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32,83■■■□□ 2,85
Best3Q6H1V1 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC32,81■■■□□ 2,84
Best3Q6H1V1 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,78■■■□□ 2,84
Best3Q6H1V1 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,77■■■□□ 2,84
Best3Q6H1V1 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC32,76■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC32,76■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC32,75■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,75■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,73■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC32,73■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,72■■■□□ 2,83
Best3Q6H1V1 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32,68■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC32,67■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,67■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32,66■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC32,66■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC32,66■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC32,65■■■□□ 2,82
Best3Q6H1V1 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,61■■■□□ 2,81
Best3Q6H1V1 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,61■■■□□ 2,81
Best3Q6H1V1 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32,59■■■□□ 2,81
Best3Q6H1V1 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC32,59■■■□□ 2,81
Best3Q6H1V1 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC32,54■■■□□ 2,8
Best3Q6H1V1 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,54■■■□□ 2,8
Best3Q6H1V1 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,51■■■□□ 2,8
Best3Q6H1V1 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC32,51■■■□□ 2,79
Best3Q6H1V1 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC32,51■■■□□ 2,79
Best3Q6H1V1 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC32,49■■■□□ 2,79
Best3Q6H1V1 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC32,49■■■□□ 2,79
Best3Q6H1V1 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC32,48■■■□□ 2,79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,2 ms