Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC46,39■■■■■ 5,02
Col17a1Q07563 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,33■■■■■ 5,01
Col17a1Q07563 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,32■■■■■ 5,01
Col17a1Q07563 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,31■■■■■ 5
Col17a1Q07563 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC46,24■■■■■ 4,99
Col17a1Q07563 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC46,21■■■■■ 4,99
Col17a1Q07563 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC46,18■■■■■ 4,98
Col17a1Q07563 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC46,16■■■■■ 4,98
Col17a1Q07563 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,14■■■■■ 4,98
Col17a1Q07563 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC46,11■■■■■ 4,97
Col17a1Q07563 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC46,11■■■■■ 4,97
Col17a1Q07563 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC46,06■■■■■ 4,96
Col17a1Q07563 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC46■■■■■ 4,95
Col17a1Q07563 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC45,98■■■■■ 4,95
Col17a1Q07563 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC45,93■■■■■ 4,94
Col17a1Q07563 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45,9■■■■■ 4,94
Col17a1Q07563 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,88■■■■■ 4,94
Col17a1Q07563 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC45,83■■■■■ 4,93
Col17a1Q07563 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC45,82■■■■■ 4,93
Col17a1Q07563 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC45,78■■■■■ 4,92
Col17a1Q07563 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC45,72■■■■■ 4,91
Col17a1Q07563 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45,69■■■■■ 4,91
Col17a1Q07563 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC45,64■■■■■ 4,9
Col17a1Q07563 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC45,63■■■■■ 4,9
Col17a1Q07563 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45,57■■■■■ 4,89
Col17a1Q07563 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC45,56■■■■■ 4,88
Col17a1Q07563 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC45,53■■■■■ 4,88
Col17a1Q07563 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC45,51■■■■■ 4,88
Col17a1Q07563 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45,48■■■■■ 4,87
Col17a1Q07563 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,47■■■■■ 4,87
Col17a1Q07563 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45,43■■■■■ 4,86
Col17a1Q07563 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC45,36■■■■■ 4,85
Col17a1Q07563 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,34■■■■■ 4,85
Col17a1Q07563 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,34■■■■■ 4,85
Col17a1Q07563 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45,32■■■■■ 4,85
Col17a1Q07563 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC45,32■■■■■ 4,85
Col17a1Q07563 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,26■■■■■ 4,84
Col17a1Q07563 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC45,2■■■■■ 4,83
Col17a1Q07563 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45,18■■■■■ 4,82
Col17a1Q07563 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC45,13■■■■■ 4,82
Col17a1Q07563 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45,1■■■■■ 4,81
Col17a1Q07563 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC45,1■■■■■ 4,81
Col17a1Q07563 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45,09■■■■■ 4,81
Col17a1Q07563 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC45,08■■■■■ 4,81
Col17a1Q07563 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC45,02■■■■■ 4,8
Col17a1Q07563 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC44,92■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC44,92■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC44,92■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC44,91■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,91■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC44,9■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44,88■■■■■ 4,78
Col17a1Q07563 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,88■■■■■ 4,77
Col17a1Q07563 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44,87■■■■■ 4,77
Col17a1Q07563 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC44,85■■■■■ 4,77
Col17a1Q07563 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44,85■■■■■ 4,77
Col17a1Q07563 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44,8■■■■■ 4,76
Col17a1Q07563 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,78■■■■■ 4,76
Col17a1Q07563 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC44,77■■■■■ 4,76
Col17a1Q07563 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC44,72■■■■■ 4,75
Col17a1Q07563 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC44,7■■■■■ 4,75
Col17a1Q07563 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC44,7■■■■■ 4,75
Col17a1Q07563 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,68■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC44,67■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,67■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC44,66■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC44,66■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,65■■■■■ 4,74
Col17a1Q07563 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC44,59■■■■■ 4,73
Col17a1Q07563 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC44,57■■■■■ 4,73
Col17a1Q07563 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44,56■■■■■ 4,72
Col17a1Q07563 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC44,56■■■■■ 4,72
Col17a1Q07563 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,53■■■■■ 4,72
Col17a1Q07563 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44,51■■■■■ 4,72
Col17a1Q07563 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,47■■■■■ 4,71
Col17a1Q07563 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC44,46■■■■■ 4,71
Col17a1Q07563 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC44,45■■■■■ 4,71
Col17a1Q07563 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC44,41■■■■■ 4,7
Col17a1Q07563 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,41■■■■■ 4,7
Col17a1Q07563 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,4■■■■■ 4,7
Col17a1Q07563 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC44,39■■■■■ 4,7
Col17a1Q07563 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44,34■■■■■ 4,69
Col17a1Q07563 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC44,34■■■■■ 4,69
Col17a1Q07563 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44,33■■■■■ 4,69
Col17a1Q07563 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,31■■■■■ 4,68
Col17a1Q07563 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC44,28■■■■■ 4,68
Col17a1Q07563 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC44,27■■■■■ 4,68
Col17a1Q07563 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,24■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,23■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,21■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC44,21■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,2■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,19■■■■■ 4,67
Col17a1Q07563 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44,17■■■■■ 4,66
Col17a1Q07563 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC44,14■■■■■ 4,66
Col17a1Q07563 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,11■■■■■ 4,65
Col17a1Q07563 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC44,08■■■■■ 4,65
Col17a1Q07563 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC44,08■■■■■ 4,65
Col17a1Q07563 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,07■■■■■ 4,65
Col17a1Q07563 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC44,05■■■■■ 4,64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 6,7 ms