Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC66,12■■■■■ 8,18
Col17a1Q07563 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC62■■■■■ 7,51
Col17a1Q07563 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC60,72■■■■■ 7,31
Col17a1Q07563 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC58,22■■■■■ 6,91
Col17a1Q07563 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC56,12■■■■■ 6,57
Col17a1Q07563 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56■■■■■ 6,56
Col17a1Q07563 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC55,99■■■■■ 6,55
Col17a1Q07563 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC55,9■■■■■ 6,54
Col17a1Q07563 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54,96■■■■■ 6,39
Col17a1Q07563 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC54,92■■■■■ 6,38
Col17a1Q07563 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC54,84■■■■■ 6,37
Col17a1Q07563 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC54,74■■■■■ 6,35
Col17a1Q07563 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54,57■■■■■ 6,33
Col17a1Q07563 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54,56■■■■■ 6,32
Col17a1Q07563 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC54,38■■■■■ 6,3
Col17a1Q07563 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC54,06■■■■■ 6,24
Col17a1Q07563 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC53,02■■■■■ 6,08
Col17a1Q07563 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC52,85■■■■■ 6,05
Col17a1Q07563 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC52,76■■■■■ 6,04
Col17a1Q07563 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52,62■■■■■ 6,01
Col17a1Q07563 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52,5■■■■■ 5,99
Col17a1Q07563 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC52,04■■■■■ 5,92
Col17a1Q07563 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC51,68■■■■■ 5,86
Col17a1Q07563 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC51,67■■■■■ 5,86
Col17a1Q07563 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC51,59■■■■■ 5,85
Col17a1Q07563 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC51,27■■■■■ 5,8
Col17a1Q07563 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC51,22■■■■■ 5,79
Col17a1Q07563 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC50,84■■■■■ 5,73
Col17a1Q07563 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC50,79■■■■■ 5,72
Col17a1Q07563 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC50,71■■■■■ 5,71
Col17a1Q07563 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC50,66■■■■■ 5,7
Col17a1Q07563 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC50,45■■■■■ 5,67
Col17a1Q07563 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC50,28■■■■■ 5,64
Col17a1Q07563 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC50,27■■■■■ 5,64
Col17a1Q07563 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC50,23■■■■■ 5,63
Col17a1Q07563 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49,81■■■■■ 5,56
Col17a1Q07563 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC49,76■■■■■ 5,56
Col17a1Q07563 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49,6■■■■■ 5,53
Col17a1Q07563 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC49,53■■■■■ 5,52
Col17a1Q07563 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC49,49■■■■■ 5,51
Col17a1Q07563 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49,27■■■■■ 5,48
Col17a1Q07563 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC49,14■■■■■ 5,46
Col17a1Q07563 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC49,09■■■■■ 5,45
Col17a1Q07563 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC48,94■■■■■ 5,43
Col17a1Q07563 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,91■■■■■ 5,42
Col17a1Q07563 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,9■■■■■ 5,42
Col17a1Q07563 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC48,89■■■■■ 5,42
Col17a1Q07563 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC48,88■■■■■ 5,42
Col17a1Q07563 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC48,63■■■■■ 5,38
Col17a1Q07563 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC48,61■■■■■ 5,37
Col17a1Q07563 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC48,5■■■■■ 5,35
Col17a1Q07563 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,43■■■■■ 5,34
Col17a1Q07563 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC48,29■■■■■ 5,32
Col17a1Q07563 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,22■■■■■ 5,31
Col17a1Q07563 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC48,13■■■■■ 5,3
Col17a1Q07563 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48,1■■■■■ 5,29
Col17a1Q07563 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC48,09■■■■■ 5,29
Col17a1Q07563 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,03■■■■■ 5,28
Col17a1Q07563 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,01■■■■■ 5,28
Col17a1Q07563 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48,01■■■■■ 5,28
Col17a1Q07563 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC47,94■■■■■ 5,26
Col17a1Q07563 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47,93■■■■■ 5,26
Col17a1Q07563 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47,91■■■■■ 5,26
Col17a1Q07563 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC47,88■■■■■ 5,26
Col17a1Q07563 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC47,88■■■■■ 5,26
Col17a1Q07563 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC47,84■■■■■ 5,25
Col17a1Q07563 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,77■■■■■ 5,24
Col17a1Q07563 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47,75■■■■■ 5,23
Col17a1Q07563 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,72■■■■■ 5,23
Col17a1Q07563 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47,65■■■■■ 5,22
Col17a1Q07563 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC47,62■■■■■ 5,21
Col17a1Q07563 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC47,59■■■■■ 5,21
Col17a1Q07563 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,58■■■■■ 5,21
Col17a1Q07563 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,52■■■■■ 5,2
Col17a1Q07563 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47,39■■■■■ 5,18
Col17a1Q07563 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,36■■■■■ 5,17
Col17a1Q07563 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47,27■■■■■ 5,16
Col17a1Q07563 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,26■■■■■ 5,16
Col17a1Q07563 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47,25■■■■■ 5,15
Col17a1Q07563 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC47,24■■■■■ 5,15
Col17a1Q07563 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,21■■■■■ 5,15
Col17a1Q07563 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,17■■■■■ 5,14
Col17a1Q07563 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47,09■■■■■ 5,13
Col17a1Q07563 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,02■■■■■ 5,12
Col17a1Q07563 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC46,95■■■■■ 5,11
Col17a1Q07563 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,93■■■■■ 5,1
Col17a1Q07563 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC46,89■■■■■ 5,1
Col17a1Q07563 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC46,88■■■■■ 5,09
Col17a1Q07563 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC46,78■■■■■ 5,08
Col17a1Q07563 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46,74■■■■■ 5,07
Col17a1Q07563 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC46,72■■■■■ 5,07
Col17a1Q07563 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC46,72■■■■■ 5,07
Col17a1Q07563 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,71■■■■■ 5,07
Col17a1Q07563 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC46,69■■■■■ 5,06
Col17a1Q07563 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC46,62■■■■■ 5,05
Col17a1Q07563 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,56■■■■■ 5,04
Col17a1Q07563 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC46,55■■■■■ 5,04
Col17a1Q07563 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC46,51■■■■■ 5,04
Col17a1Q07563 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,48■■■■■ 5,03
Col17a1Q07563 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC46,44■■■■■ 5,02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10,8 ms