Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC66.12■■■■■ 8.18
Col17a1Q07563 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC62■■■■■ 7.51
Col17a1Q07563 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC60.72■■■■■ 7.31
Col17a1Q07563 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC58.22■■■■■ 6.91
Col17a1Q07563 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC56.12■■■■■ 6.57
Col17a1Q07563 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56■■■■■ 6.56
Col17a1Q07563 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC55.99■■■■■ 6.55
Col17a1Q07563 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC55.9■■■■■ 6.54
Col17a1Q07563 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.96■■■■■ 6.39
Col17a1Q07563 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC54.92■■■■■ 6.38
Col17a1Q07563 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC54.84■■■■■ 6.37
Col17a1Q07563 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC54.74■■■■■ 6.35
Col17a1Q07563 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.57■■■■■ 6.33
Col17a1Q07563 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54.56■■■■■ 6.32
Col17a1Q07563 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC54.38■■■■■ 6.3
Col17a1Q07563 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC54.06■■■■■ 6.24
Col17a1Q07563 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC53.02■■■■■ 6.08
Col17a1Q07563 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC52.85■■■■■ 6.05
Col17a1Q07563 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC52.76■■■■■ 6.04
Col17a1Q07563 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.62■■■■■ 6.01
Col17a1Q07563 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.5■■■■■ 5.99
Col17a1Q07563 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC52.04■■■■■ 5.92
Col17a1Q07563 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC51.68■■■■■ 5.86
Col17a1Q07563 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC51.67■■■■■ 5.86
Col17a1Q07563 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC51.59■■■■■ 5.85
Col17a1Q07563 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC51.27■■■■■ 5.8
Col17a1Q07563 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC51.22■■■■■ 5.79
Col17a1Q07563 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC50.84■■■■■ 5.73
Col17a1Q07563 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC50.79■■■■■ 5.72
Col17a1Q07563 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC50.71■■■■■ 5.71
Col17a1Q07563 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC50.66■■■■■ 5.7
Col17a1Q07563 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC50.45■■■■■ 5.67
Col17a1Q07563 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC50.28■■■■■ 5.64
Col17a1Q07563 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC50.27■■■■■ 5.64
Col17a1Q07563 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC50.23■■■■■ 5.63
Col17a1Q07563 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.81■■■■■ 5.56
Col17a1Q07563 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC49.76■■■■■ 5.56
Col17a1Q07563 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.6■■■■■ 5.53
Col17a1Q07563 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC49.53■■■■■ 5.52
Col17a1Q07563 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC49.49■■■■■ 5.51
Col17a1Q07563 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.27■■■■■ 5.48
Col17a1Q07563 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC49.14■■■■■ 5.46
Col17a1Q07563 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC49.09■■■■■ 5.45
Col17a1Q07563 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC48.94■■■■■ 5.43
Col17a1Q07563 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.91■■■■■ 5.42
Col17a1Q07563 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.9■■■■■ 5.42
Col17a1Q07563 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC48.89■■■■■ 5.42
Col17a1Q07563 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC48.88■■■■■ 5.42
Col17a1Q07563 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC48.63■■■■■ 5.38
Col17a1Q07563 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC48.61■■■■■ 5.37
Col17a1Q07563 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC48.5■■■■■ 5.35
Col17a1Q07563 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.43■■■■■ 5.34
Col17a1Q07563 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC48.29■■■■■ 5.32
Col17a1Q07563 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.22■■■■■ 5.31
Col17a1Q07563 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC48.13■■■■■ 5.3
Col17a1Q07563 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.1■■■■■ 5.29
Col17a1Q07563 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC48.09■■■■■ 5.29
Col17a1Q07563 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.03■■■■■ 5.28
Col17a1Q07563 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.01■■■■■ 5.28
Col17a1Q07563 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.01■■■■■ 5.28
Col17a1Q07563 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC47.94■■■■■ 5.26
Col17a1Q07563 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.93■■■■■ 5.26
Col17a1Q07563 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.91■■■■■ 5.26
Col17a1Q07563 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC47.88■■■■■ 5.26
Col17a1Q07563 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC47.88■■■■■ 5.26
Col17a1Q07563 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC47.84■■■■■ 5.25
Col17a1Q07563 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.77■■■■■ 5.24
Col17a1Q07563 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.75■■■■■ 5.23
Col17a1Q07563 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.72■■■■■ 5.23
Col17a1Q07563 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.65■■■■■ 5.22
Col17a1Q07563 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC47.62■■■■■ 5.21
Col17a1Q07563 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC47.59■■■■■ 5.21
Col17a1Q07563 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.58■■■■■ 5.21
Col17a1Q07563 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.52■■■■■ 5.2
Col17a1Q07563 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.39■■■■■ 5.18
Col17a1Q07563 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.36■■■■■ 5.17
Col17a1Q07563 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.27■■■■■ 5.16
Col17a1Q07563 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.26■■■■■ 5.16
Col17a1Q07563 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.25■■■■■ 5.15
Col17a1Q07563 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC47.24■■■■■ 5.15
Col17a1Q07563 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.21■■■■■ 5.15
Col17a1Q07563 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.17■■■■■ 5.14
Col17a1Q07563 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.09■■■■■ 5.13
Col17a1Q07563 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.02■■■■■ 5.12
Col17a1Q07563 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC46.95■■■■■ 5.11
Col17a1Q07563 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.93■■■■■ 5.1
Col17a1Q07563 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC46.89■■■■■ 5.1
Col17a1Q07563 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC46.88■■■■■ 5.09
Col17a1Q07563 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC46.78■■■■■ 5.08
Col17a1Q07563 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46.74■■■■■ 5.07
Col17a1Q07563 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC46.72■■■■■ 5.07
Col17a1Q07563 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC46.72■■■■■ 5.07
Col17a1Q07563 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.71■■■■■ 5.07
Col17a1Q07563 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC46.69■■■■■ 5.06
Col17a1Q07563 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC46.62■■■■■ 5.05
Col17a1Q07563 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.56■■■■■ 5.04
Col17a1Q07563 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC46.55■■■■■ 5.04
Col17a1Q07563 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC46.51■■■■■ 5.04
Col17a1Q07563 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.48■■■■■ 5.03
Col17a1Q07563 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC46.44■■■■■ 5.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.1 ms