Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Sdc1P18828 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Sdc1P18828 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Sdc1P18828 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sdc1P18828 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sdc1P18828 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sdc1P18828 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sdc1P18828 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Sdc1P18828 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sdc1P18828 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sdc1P18828 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sdc1P18828 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sdc1P18828 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sdc1P18828 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Sdc1P18828 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Sdc1P18828 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Sdc1P18828 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sdc1P18828 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sdc1P18828 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sdc1P18828 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Sdc1P18828 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Sdc1P18828 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Sdc1P18828 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Sdc1P18828 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Sdc1P18828 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Sdc1P18828 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Sdc1P18828 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Sdc1P18828 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Sdc1P18828 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
Sdc1P18828 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Sdc1P18828 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Sdc1P18828 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Sdc1P18828 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sdc1P18828 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sdc1P18828 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.4 ms