Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 TCL1B-201ENST00000340722 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CHD9Q3L8U1 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
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