Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms