Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
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USP28Q96RU2 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
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USP28Q96RU2 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
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USP28Q96RU2 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP28Q96RU2 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
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