Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HIF3AQ9Y2N7 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
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