Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms