Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LDB3O75112 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LDB3O75112 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LDB3O75112 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LDB3O75112 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB3O75112 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB3O75112 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB3O75112 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB3O75112 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB3O75112 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB3O75112 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB3O75112 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB3O75112 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB3O75112 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.8 ms