Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC9P31274 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms