Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms