Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ATG4BQ9Y4P1 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms