Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC39Q9UFE4 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.9 ms