Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CUX1P39880 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CUX1P39880 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms