Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms