Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms