Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
VPS54Q9P1Q0 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms