Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
USP53Q70EK8 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms