Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
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