Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HDDC3Q8N4P3 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms