Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SKA3Q8IX90 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms