Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms