Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TCOF1Q13428 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
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