Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
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SP140Q13342 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
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SP140Q13342 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
SP140Q13342 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
SP140Q13342 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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