Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms