Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
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