Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms