Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms