Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
VPS39Q96JC1 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms